二代目服部半蔵が徳川三代将軍・家光の怒りに触れて改易切腹、そして公儀御庭番の地位を失い、伊賀衆は野に散った。慶安四年、家光が俄に崩じて、四代将軍・家綱の治世となる。幼君の将軍補佐役として家光の腹違いの弟である保科正之が就くが、五歳の幼君を廻り御三家、幕閣重臣たちの陰謀から家綱を守り、そして徳川の安泰のため、市井に其の身を隠していた忍びの中の忍びと伝え聞く三代目服部半蔵に「自分の手足となり働いてくれぬか」と言うが、先代の轍を踏むことを嫌い、幕府という権力に従うことを拒否し、忍びとして影に生き、影から世を動かすことを半蔵は選ぶ。服部一門改易の後、公儀御庭番の任に就いた甲賀衆との死闘、そして数多の謀略に伊賀忍者の頭領として立ち向かってゆく三代目服部半蔵こと千葉真一 大先生とJAC（ジャパンアクションクラブ）のこれぞ忍者アクション時代劇の醍醐味とも言える『影の軍団』シリーズの始まりでございまする。